В середине 1980-х годов Мкртчян практически прекратил активное участие в кино, а в начале 1990-х годов покинул театр имени Сундукяна, где отдал 35 лет своей творческой жизни. Фрунзик решил основать свой театр, но руководством он управлял лишь недолго.

Последние годы жизни актера стали чередой потрясений. Он тяжело переживал испытания, выпадавшие на долю Армении. Погромы и массовые убийства армян в Сумгаите, Спитакское землетрясение, Карабахская война… На трагедию, разделяемую им вместе со своим народом, накладывалась трагедия его личной жизни…

Вторым браком он женился на Донаре Пилосян, она тогда также была актрисой в театре Сундукяна. Фрунзик всегда мечтал о семье, чтобы дома было все тепло и уютно, накрытый стол и красавица жена.

Однако после рождения двух замечательных детей — Вазгена и Нунэ — все стало рушиться.

Донара была жутко ревнивым человеком, поэтому когда Мкртчян отправлялся на съемки в кино, то Донара постоянно звонила и была на связи, уж очень боялась, что любая способна увести ее мужа из семьи. Она перестала сниматься в кино, играть в театре, очень замкнулась и перестала обращать внимание даже на детей. Всё чаще в семье вспыхивали ссоры, причём буквально на ровном месте. Актёр никогда не давал жене повода для ревности, но она закатывала истерики и говорила о каких-то его романах с коллегами, доходило до того, что она просто не отпускала его на съёмки. Не раз Фрунзик приезжал со съемок и видел, как дети ходят голодные, все грязные и сидит Донара со стеклянным взглядом и смотрит в пол.

Поведение жены становилось всё более странным, и Мкртчян решил показать жену врачам. Диагноз был неутешительным и буквально шокировал супругов: шизофрения. Актёр стал показывать жену лучшим специалистам Советского Союза, ездил с ней во Францию к европейским светилам, но те лишь разводили руками и никаких надежд на выздоровление не давали. Она все больше погружалась в себя и лишь изредка узнавала мужа и детей.

Актёр всеми силами пытался лечить любимую жену, даже отказывался от ролей, чтобы помочь ей, но всё было бесполезно.

Выходя из больницы после очередного обострения, Донара на какое-то время становилась нормальным человеком и даже возвращалась на сцену. Но спустя время всё повторялось. И с каждым разом обострения случались всё чаще и чаще. Тоску и отчаяние Фрунзик заливал выпивкой, благо желающих помочь ему в этом было хоть отбавляй. В Ереване все знали о несчастье в семье Мкртчяна, приглашали его к себе, предлагая выпить, отвлечься. Со временем это превратилось в серьёзную проблему. Мкртчян мог напиться во время съёмок и сорвать смену. На съёмках «Мимино» Данелия даже поставил перед актёром жёсткий ультиматум – либо выпивка, либо работа.

Однако продержался Фрунзик недолго.

В последний раз Донара вышла на сцену в 1982 году...

А вскоре, Фрунзик принял волевое решение — положить любимую женщину в психиатрическую клинику, так настояли врачи, да и он сам понимал, что жена уже не вернется. Это была трагедия, с которой он никак не мог смириться и до конца жизни себе этого так и не простил.

Из-за переживаний и алкогольных возлияний здоровье Мкртчяна было сильно подорвано – врачи диагностировали у актера проблемы с сердцем, печенью и желудком. Его дочь Нунэ к тому времени вышла замуж, и уехала с мужем в Аргентину, и смыслом жизни Фрунзика стал сын Вазген.

Но со временем Мкртчян стал все чаще замечать, что его любимый сын несколько отрешен от мира, его мало что завлекало, он был очень холоден и казалось, равнодушен ко всему, у мальчика начались нервные срывы, проблемы с общением.

Диагноз врачей добил Фрунзика — шизофрения. Но все же актер верил, что сможет вылечить Вазгена.  В 1993 году он повез его на лечение во Францию, где выяснилось, что болезнь сына неизлечима — ему по наследству передалась психическая болезнь матери. Рассказывают, что, когда Вазгена на какое-то время поместили в ту же французскую клинику, где находилась Донара, они при встрече даже не узнали друг друга.

Друг Фрунзика Мкртчяна актер и режиссер Хорен Абрамян вспоминал: «В семье Фрунзик был очень несчастлив. У него в доме не было домашнего уюта. И пил он так страшно, я думаю, потому, что ему не хватало теплых отношений в семье».

Поздней осенью 1993 года Мкртчян вернулся из Парижа, где местные эскулапы безуспешно пытались вылечить его душевнобольного сына. На родине Фрунзе ждала еще одна страшная весть – на днях похоронили его лучшего друга, народного артиста Армении Азада Шеренца. С горя Мкртчян запил по-черному. На этой почве угодил в больницу, где у него случилась клиническая смерть. Пять минут врачи боролись за его жизнь и сумели-таки вернуть актера с того света.

Вскоре после этого Мкртчяна навестил в больнице его приятель журналист В. Алоян, которому актер рассказал следующее:

«Я вернулся с того света. Если бы ты знал, что там за место… Самое роскошное путешествие в моей жизни. Все остальные путешествия – ничто. Все остальные места – обычные пошлые населенные пункты. Тяготы, боль, нелепости… Теперь я знаю, что такое счастье. Какой у него вкус, цвет… Потусторонний мир – это такое неописуемое место. Такой покой, такая легкость… Ни крови, ни кожи, ни тела. Свет и счастье. Ада нет. Блеф, выдумка. Придумали, чтобы людей пугать… Мне говорят, что тело у меня было в жутком виде, лицо помертвело, посинело, глаза куда-то закатились. А я был счастлив… И весь в сиянии… То трепетное счастье, которое было в лучезарном сиянии, я никогда не испытывал в этой жизни. И так легко уходить. А я всегда думал: чего это умирающие не сопротивляются. Я там мало пробыл. Какой-то миг. Неописуемый лучезарный миг, длившийся вечность… Я испытал огромное, незнакомое счастье, необъяснимое состояние. Чем измеряется счастье здесь? Овациями? Видишь, тому досталось меньше аплодисментов, чем мне. Пускай лопается. Чушь! Пустое постыдное чувство. То счастье космическое, несравнимое. Жаль, не успел, сразу вернулся. Как советский турист в годы «железного занавеса». Тем не менее поблагодарил врачей за то, что вернули. Но, между нами, как увидел дымящуюся трубу завода, пожалел, что вернулся…»

После этого интервью Мкртчян прожил всего несколько недель.

Вспоминает младший брат актера кинорежиссер Альберт Мкртчян: «Фрунз желал смерти, он рвался к ней, он мечтал о ней, жестоко гася в себе жизненные инстинкты. Его не время погубило и не пристрастие к вину и табаку… Нет, он сознательно шёл к своей погибели, не имея сил пережить страшную болезнь сына и жены — своё огромное семейное горе.

Было время, когда Фрунзе был мне отцом. В последние месяцы отцом для него стал я: стирал его вещи, готовил для него супы. В день его смерти, 29 декабря, я заехал к нему утром домой, чтобы отвезти на панихиду по Азаду Шеренцу, с которым они всю жизнь были не разлей вода. Уже на первом этаже я услышал его крики. Поняв, что Фрунзе напился, я отпустил машину. До вечера я просидел около постели брата, он, не переставая, говорил об одном – о своем театре. По всей Армении не было света. Фрунзе включил магнитофон, который работал от аккумуляторов, и поставил кассету с „Адажио“ Альбинони. В последнее время он часто слушал эту мелодию: разбирал драматургию музыки для спектакля. С театром у брата были связаны последние надежды… Я с трудом уговорил брата поспать, уложил в кровать и его сына Вазгена. А вечером из дома никак не мог до них дозвониться и почувствовал, что случилось страшное…»

Приехали друзья, сломали дверь и вошли в промерзшую квартиру, Мкртчян лежал на полу, обхватив руками мраморный постамент, на котором находились комнатные часы. Рядом безучастно сидел Вазген, даже не понимающий, что 63-летнего отца больше нет.

Фрунзик Мкртчян скончался 29 декабря 1993 года в Ереване от инфаркта в возрасте 63 лет. По меркам гор еще юнец…

На похороны актера 31 декабря 1993 года собрался чуть ли не весь Ереван: Фрунзе Мушегович был гордостью Армении, ее любимым сыном, и за гробом артиста по улицам столицы шли тысячи человек. Скорбела вся Армения. Чтобы проститься с любимым актёром, люди добирались из Гюмри в Ереван, проделывая дорогу в 130 километров — пешком, из-за нехватки топлива.

Те печальные сумерки кануна 1994 года в Ереване помнят до сих пор: из-за военных действий с Азербайджаном в городах Армении были перебои со светом и отоплением. Гроб с телом артиста несли по промерзшим улицам, и дорогу ему освещали фарами автомобили, выстроенные вдоль тротуаров. Люди, шедшие за гробом, несли в руках зажженные свечи. Это было душераздирающее в своей мрачной торжественности зрелище.

Фрунзика Мкртчяна — народного артиста СССР с всенародной любовью — похоронили в Пантеоне имени Комитаса.

В новогоднюю ночь, встречая 1994 год, армяне поднимали первый бокал не чокаясь, стоя и молча: в Армении так пьют за почившего близкого члена семьи.

Дочь актёра Нунэ пережила отца всего на 5 лет и умерла в 1998 году от онкологического заболевания.

Сын Вазген в 2003 году от цирроза.

Донара скончалась в 2011 году в психиатрической больнице в Армении.

Она пережила и мужа, и дочь, и сына, но даже не узнала об этом…