Впервые останки данного вида были обнаружены в 2003 г. на острове Флорес в Индонезии объединенной австрало-индонезийской группой археологов, разыскивавших свидетельства миграции современного человека из Азии в Австралию. Руководили группой Майк Морвуд и Питер Браун. Исследователи совершенно не ожидали открытия нового вида и были удивлены находкой хорошо сохранившегося скелета, который был обозначен LB1 (от названия пещеры Liang Bua, в которой он был найден) и стал типовым экземпляром (голотипом). Предполагается, что это скелет женщины в возрасте около 30 лет. Он получил прозвище «Маленькая леди с Флореса» или «Фло».

В ходе последующих раскопок было обнаружено еще 7 скелетов возрастом от 38 до 13 тыс. лет. Одна из обнаруженных костей рук, приписываемых человеку флоресскому, имеет возраст около 74 тыс. лет. Останки не подверглись окаменению (фоссилизации) и имели консистенцию «влажной промокательной бумаги», их приходилось тщательно просушивать перед извлечением из земли. Они стали предметом интенсивного изучения с целью определения их видовой принадлежности.

Так к какому же все таки выводу пришли ученые ?